Le comité administratif est responsable de l'administration générale du Conseil. Il comprend sept personnes élues par l'assemblée des membres : le président du Conseil, un vice-président, un secrétaire, un trésorier et trois administrateurs.

Le président est élu par l'assemblée des membres parmi les représentants des ordres professionnels. Le président est le porte-parole du Conseil et assure la liaison avec le Ministre responsable de l'application des lois professionnelles et l'Office des professions du Québec.